Die Mitgliederversammlung ist das oberste Organ der SGPath. Sie wählt den Vorstandsausschuss, die Mitglieder der Revisionsstelle sowie die Präsidien von Kommissionen.
Im Vorstand nehmen die Vereinspräsidentinnen der Gesellschaften für Zytologie und Molekularpathologie Einsitz. Vertreten sind sodann die Weiter- und Fortbildungskommission und die Tarifkommission. Der Qualitätssicherungsbeauftragte rundet das vielfältige Profil des Vorstands ab.
Die SGPath vertritt den Fachbereich Pathologie in verschiedenen nationalen und internationalen Gremien. Die Delegierten werden vom Vorstand eingesetzt.
Arbeitsgruppen, die sich mit der Pathologie einzelner Organe oder Organsysteme befassen, bilden sich auf eigene Initiative mit Genehmigung des Vorstands.
